汽車燒甲醇的缺點主要有以下幾點：

甲醇有毒性。它會刺激眼睛結膜，能通過呼吸道、消化道和皮膚進入人體，刺激神經，引發頭暈、頭疼、惡心、視力障礙和代謝酸中毒等癥狀，嚴重時會導致失明甚至死亡。

甲醇有腐蝕性。對橡膠、塑料的溶脹作用較強，需要研制專用的甲醇燃料潤滑油和腐蝕抑制劑。

熱值低。甲醇的熱值只有汽油的 48%，行駛相同里程所需燃料容積更大。雖然含氧量較高，理論混合氣熱值與汽油接近，但強力推進時消耗量會增加，整體經濟性不強。

甲醇汽油易分層。當水分達到一定含量時，甲醇會從基礎汽油中分離，使用時需要加助溶劑嚴格控制水分。

適應性差。尤其是在低溫環境，很難啟動汽車，冬季使用會有困擾。

易揮發且易燃易爆。安全隱患大，輕微碰撞產生的火星都可能引起爆燃，因此從安全性考慮，推廣受限。

甲醇來源有限。80%的甲醇來源于煤炭，煤炭資源并非絕對環保且有限。

配套設施不完善。甲醇加注站的規劃和布局是很大挑戰，未普及，完善設備及運輸等存在問題。

燃燒可能產生甲醛。甲醇不完全燃燒會產生甲醛氣體，有毒甚至致癌。