電子油門加速器有一些缺點，可能會增加車輛保養成本。

其缺點主要有：

增加油耗，因為它提高了油門響應，使駕駛風格更激烈，雖增幅不高，但長期下來也是一筆額外開支；

操作難度變大，手動擋車型加裝后，起步或換擋時油離配合更難，易出現加油不走或車輛憋死的情況；

駕駛不便，加裝后駕駛風格激進，自動擋車型降擋更積極，在復雜路況或雨雪天氣下會給駕駛員帶來困擾，甚至存在安全隱患。

如果因操作不當導致車輛故障，維修和保養費用也會增加。

不過，油耗增加程度一般可接受。

要應對這些問題，需謹慎使用電子油門加速器，提高駕駛技術，根據實際路況合理控制油門。在雨雪等特殊天氣，要特別注意安全駕駛，避免因加速器帶來的激進駕駛風格引發事故。