寶馬 RR1000 與同級別車型相比，存在一些劣勢。

首先，價格方面，寶馬 RR1000 相對較高，比如與雅馬哈 R1、鈴木 GSX-R1000 和本田 CBR1000RR 相比，它的售價更貴。

其次，在一些設計和配置上，比如懸掛系統，它采用的 46mm 倒立前叉及單筒彈簧后避震，與部分同級別車型的懸掛系統相比，可能在某些路況下的表現略有不足。

另外，雖然寶馬 RR1000 性能出色，但在重量設計上，相比一些同級車型可能稍顯劣勢，這會在一定程度上影響其操控靈活性。

而且，從成本角度看，寶馬 RR1000 配備的一些高端技術和零部件，增加了車輛的成本，對于部分消費者來說可能是個負擔。