上海大眾桑塔納的安全配置很豐富。

被動安全配置上，全車高強度鋼占比高，有的能達 65%甚至 78%以上，車身堅固，能抵御碰撞沖擊。配備多個安全氣囊，像 6 個、7 個甚至 9 個，包括頭部氣簾、前排側氣囊、前后排頭部氣囊等，還有預緊式安全帶。

主動安全配置方面，搭載全新 ESP 車身動態電子穩定系統，能在車輛轉向不足或過度時迅速反應保持車身平衡。配有 HBA 智能制動系統、XDS 差速器，讓行駛更平穩。

此外，還有 HHC 坡道輔助控制系統、Front Assist 前方安全輔助系統，檢測到可能碰撞危險會發出警報。部分車型有主動剎車、盲區偵測系統、自適應遠近光、感應雨刷等功能。

大燈有 LED 光源，照明好。標配 TPMS 胎壓檢測系統、智能胎壓監測系統，能實時監測胎壓。還有定速巡航、多功能方向盤、上坡輔助、發動機啟停、車內 PM2.5 過濾裝置等實用配置，提升行車安全性和舒適性。