不同車型的水箱清洗方法有區別。

手動清洗需拆卸水箱，用手動錘、刮刀、鏟子去除水垢，但效率低、勞動強度大，易對水箱造成二次傷害。

普通水垢清洗劑要拆卸水箱，清洗不徹底、有異味、有腐蝕性，會導致水箱老化、縮短使用壽命。

專業水垢清潔劑無需拆卸，直接倒入汽車水循環系統浸泡，怠速循環或行駛 20 - 30 分鐘后排出，再用水反復沖洗，能有效清除水垢、鐵銹、油泥等有害物質。

有的車型如保時捷、路虎，清洗水箱時還需拆掉前杠，因水箱位置特殊，中間部分狹小，拆洗更徹底。清洗前先用吹塵槍從里往外吹掉雜質和泥土，再噴灑專用清潔劑等待十分鐘充分溶解，然后用水霧沖洗，不能用高壓水槍，以防損壞散熱器鋁片。

清洗水箱很重要，能避免發動機高溫，保證動力、降低油耗、優化空調效果、減少發動機噪音，防止發動機出現潤滑油膜變薄、燒機油、拉缸、爆缸等問題，維持發動機長期正常運行。