C1駕駛摩托車被處罰后，駕駛證會被扣12分。在新交規里，C1駕照駕駛摩托車屬于超范圍駕駛，這是明確的違法行為。因為駕駛摩托車需專門的D證，C1準駕小型汽車，并不涵蓋摩托車駕駛資格。一旦被交警查到，除了會被處以200元以上2000元以下罰款，還會記12分，這嚴重影響駕駛記錄，可能導致駕照被吊銷或需重新考試恢復資格。

之所以會有這樣的處罰規定，是因為摩托車與汽車在駕駛操作、性能特點等方面都存在較大差異。摩托車車身小巧、靈活性高，但穩定性相對較差，需要駕駛者具備專門的操控技巧和應對突發情況的能力。而C1駕照的培訓重點在于汽車駕駛，并不涉及摩托車相關的駕駛技能與知識。所以，為了保障道路交通安全，避免駕駛者因不熟悉摩托車駕駛特性而引發事故，超范圍駕駛摩托車才會面臨如此嚴格的處罰。

當C1駕照被扣12分后，駕駛人需要在15天內前往指定地點學習7天的道路交通安全法律法規相關內容。學習結束后，還需參加相應的考試，只有通過考試才能領回駕駛證。若之前駕駛證還有其他扣分情況，處理流程會更為復雜。

此外，不同地區對于此類違法行為的處罰標準可能會存在一定差異，但總體來說，處罰的方向和原則是一致的。

總之，持有C1駕照的駕駛人一定要避免駕駛摩托車，務必確保自己具備合適的駕照才能合法上路。遵守交通法規，既是對自己的安全負責，也是對其他道路使用者的尊重。只有大家都依法依規駕駛，才能共同營造安全有序的交通環境。