2012 款新捷達的變速箱主要有兩種，分別是 5 速 MQ 系列手動變速箱和 6 速 AQ250 自動變速箱。

5 速 MQ 手動變速箱是大眾首創，檔位清晰，入檔準確且吸合感好。倒檔采用下壓式，讓倒檔和 1 檔切換更便捷。它與發動機匹配良好，能給駕駛者帶來充足樂趣，還能有效控制油耗。

6 速 AQ250 自動變速箱換擋迅速，輸出平順，能為乘客提供出色的乘坐舒適性。自動擋車型沒有手動換擋模式，只提供 S 運動擋，這在降低成本的同時也更貼合車輛定位。

新捷達的變速箱性能出色，能滿足不同用戶的需求。比如在高速公路上，能讓車輛達到較高速度；在市區行駛，能適應頻繁的起步和停車。而且空車行駛或滿載上坡時，都能通過變速箱的調節，使車輛有合適的扭矩輸出。

倒車時，變速箱中的倒檔齒輪組能實現車輛倒車。變速箱由變速傳動機構和變速控制機構兩部分組成，變速傳動機構改變扭矩和速度的大小和方向，控制機構控制變速機構實現換擋。

機械變速箱主要應用齒輪傳動的減速原理，通過操縱機構使不同齒輪副工作來實現換擋。