農用車駕駛證扣分的影響主要有以下這些方面。

在一個記分周期內，如果農用車駕駛證的積分未達到 12 分，所處罰款已經繳納的，記分予以清除；記分雖未達到 12 分，但尚有罰款未繳納的，記分轉入下一記分周期。

如果在一個記分周期內的積分達到 12 分，會被公安機關交通管理部門扣留機動車駕駛證。駕駛人應當在十五日內到機動車駕駛證核發地或者違法行為地公安機關交通管理部門參加為期七日的道路交通安全法律法規和相關知識學習。

學習后，車輛管理所應當在二十日內對其進行考試。考試合格的，記分予以清除，發還機動車駕駛證；考試不合格的，繼續參加學習和考試。

拒不參加學習，也不接受考試的，由公安機關交通管理部門公告其機動車駕駛證停止使用。

如果在一個記分周期內有兩次以上達到 12 分或者累積記分達到 24 分以上的，車輛管理所還應當在道路交通安全法律法規和相關知識考試合格后十日內對其進行道路駕駛技能考試。接受道路駕駛技能考試的，按照本人機動車駕駛證載明的最高準駕車型考試。