不同類型的散熱器使用方法有區別。

風冷散熱器通過風扇鼓風加速散熱片的空氣流動來降溫，常用于 CPU 和 VGA 顯卡散熱。其散熱風扇有包膠風扇、LED 燈風扇等。風冷從散熱方式分有側吹式、下吹式等，從類型分有風冷、熱管、水冷等。中高端的風冷和熱管常融合。低端產品春冬正常使用能給 CPU 散熱，玩大型游戲或超頻可能需要中高端產品。

熱管散熱器在風冷基礎上加了熱管加速熱量從器件向散熱片擴散。

水冷散熱器器件上散熱片小，靠水把熱量帶走，水在管道流到主散熱器散熱。半導體制冷靠通電后兩面溫差，冷面貼器件，熱面貼散熱片散熱，但制冷面易凝結水氣，不適合業余人員。壓縮機制冷像空調，自己制造大溫差，效率高但成本高，發燒級使用。

各種材質和形狀的散熱器安裝要求不同。比如鋼制翅片管對流散熱器，搬運要輕拿輕放，立式下進下出型和上進上出型安裝方式不同，安裝前清除保護物，按固定孔掛裝調整緊固，注意面罩高度，螺紋按標準加工，系統運行熱水和蒸汽勿超壓并設減壓閥。側進側出型要分同側、異側和水平串聯三種。其他如銅管鋁片、銅鋁復合、鋼鋁復合等散熱器也有類似要求。

使用散熱器時要注意溫控方式，可選手動、電子或智能溫控，不同季節和房間調整溫度，冬季 18 - 22 攝氏度為宜。利用定時功能按作息設定開關時間節能，調整風向讓熱風均勻散布，定期清潔保持通暢衛生，注意水質管理防結垢，定期維護保養檢查閥門管道等，安全使用遠離易燃物，關注能源效益加保溫材料等，還可制定個人使用規范。