汽車的自動啟停系統每次啟動發動機都需要大量的電能。如果電池電量不足，自動啟停系統將無法工作。

有些汽車的發動機有正常的工作溫度范圍。如果某些汽車的發動機溫度過低，自動啟停系統將不起作用。

很多騎手不喜歡使用自動啟停功能，有些騎手覺得發動機啟動時會有抖動，影響車內乘坐舒適性。

有騎手認為頻繁啟停會加重發動機磨損，但這種擔心是不必要的。

99%的發動機磨損發生在冷啟動的瞬間。當發動機冷起動時，機油沒有到達需要潤滑的部件表面。此時發動機內的部件處于干摩擦狀態，會加劇發動機磨損。

發動機啟動時，機油會很快到達發動機內各個零件的表面，這樣發動機的磨損就會小很多。

使用自動啟停系統時，發動機已達到正常工作溫度，各部件表面形成油膜。此時起動發動機不會損壞發動機。

此外，配備自動啟停技術的汽車起動機在設計上也得到了加強。