超速扣12分的處理方法包括以下步驟：

1、駕駛員需要在15日內到機動車駕駛證核發地或違法行為地的公安機關交通管理部門，參加為期7天的道路交通安全法律、法規和相關知識學習。每天學習時間不少于三個小時，主要是培訓交通安全法律法規、交通安全文明駕駛、應急處置等內容。

2、學習期滿后，車管所會在20天內安排科目一考試。考試內容主要包括道路交通安全法律法規、交通信號、通行規則等基本知識。考試形式為上機考試，100道題，90分及以上過關。

3、如果駕駛員在一個記分周期內兩次及以上達到12分或者累積記分達到24分以上，還需要在科目一考試合格后十日內進行科目三考試。考試內容主要包括道路駕駛技能和安全文明駕駛常識。

4、考試合格后，記分將被清零，并發還機動車駕駛證。考試不合格的駕駛員需要重新參加學習和考試。

需要注意的是，如果駕駛員未按規定參加學習和考試，公安機關交通管理部門將公告其機動車駕駛證停止使用。