當車輛發動機進水時，保險公司通常不會進行賠付。以下是一些車險不賠付的情況：

1、新車未上牌、無臨時牌或者臨時牌過期期間造成的損失，不賠。在汽車基本險的四個險種的免責條款中，都明確規定，除非另有約定，否則發生保險事故時無公安機關交通管理部門核發的合法有效的行駛證、號牌，或臨時號牌或臨時移動證，保險公司不予賠償；

2、車輛未在規定時間內年檢或者未通過年檢出事造成的損失，不賠。車輛未通過年檢或者未及時年檢的，均屬于不能合法上路的。車險免責條款規定，未在規定檢驗期限內進行機動車安全技術檢驗或檢驗未通過而上路行駛過程中造成的損失，保險公司不予賠償；

3、車輛修理期間出事故造成的損失，不賠。車輛在檢測、維修、養護過程中造成的損失，保險公司不賠償。原因是保險公司認為維修點負有看管車輛的責任，車輛被盜或者損壞是屬于維修點的過失。

因此，如果車輛發動機進水，保險公司通常不會進行賠付。如果遇到這種情況，車主應該及時聯系保險公司，了解具體的理賠流程和條件。