發動機自動啟停系統的故障通常是由電池故障、車內溫度等問題引起的。自動啟停故障可能發生在以下情況下：電池電量不足：自動啟停主要依賴于電池的容量。當汽車點火啟動時，會消耗大量電池電量。因此，車輛配備自動啟停功能通常會使用大容量電池，以確保能夠承受大電流沖擊。當電池電量消耗到一定程度，無法持續提供足夠電流支持時，自動啟停功能會自動停止以保護電池的使用壽命。這時需要更換新電池。車輛溫度等問題也可能導致自動啟停故障，例如：冷車啟動后水溫未達到正常工作溫度（一般為70℃以上）；車外溫度低于5攝氏度，或者車內溫度低于20攝氏度且有熱風吹出；方向盤轉向角度大于30度；前排司機未系安全帶；停車坡道坡度超過10%等。