變速箱齒輪磨損的原因有多種，以下是一些主要原因：

1、高負荷工作：手動變速器的齒輪經常在高轉速、高負荷、轉速和負荷不斷交變的情況下工作，這會導致齒輪的正常磨損。

2、潤滑不良：如果潤滑油品質不佳或潤滑條件不良，會導致齒輪之間的摩擦增加，從而加速齒輪的磨損。

3、駕駛操作不當：駕駛時的不當操作，如換擋不順暢、離合器使用不當等，都可能對齒輪造成沖擊和損傷。

4、維修不當：在維修時，如果齒輪裝配相互嚙合位置不當，也會導致齒輪磨損加速。

除此之外，齒輪其他部位或其他零件的磨損，如齒輪孔中花鍵槽、軸承、花鍵軸彎曲等，離合器或傳動軸的裝配不當，以及制造上的某些缺陷，如滲碳層不均勻、齒輪翹曲等，也可能導致齒輪磨損的加速。