騎摩托違章扣汽車駕駛證的分，是因為交通法規對駕駛資格有明確劃分，且個人信息在系統里是捆綁的。

我國交通法規規定，不同類型車輛需要相應的駕駛證。摩托車有專門的D、E、F照，而汽車則有C1、C2、B1、B2、A1、A2等多種駕照類型。若持汽車的C照去騎摩托，屬于準駕不符，會面臨扣12分以及罰款2000元的處罰；若是AB照駕駛者，除扣分外還會導致駕照降級。即便擁有合并駕照，如A1A2D，在違章扣分時，遵循最高級別資質，騎摩托違章扣分就會扣在最高等級的駕照上。此外，在交通管理體系實行“一人一檔”制度下，個人的汽車駕照和摩托車駕照等所有信息都捆綁在一起，系統未單獨區分時，違章扣分就會默認扣在第一個關聯的駕照上。

總之，交通法規的嚴格規定和系統信息的捆綁機制，共同導致了騎摩托違章可能會扣汽車駕駛證的分。駕駛者應嚴格按照法規要求，取得相應準駕車型的駕照，避免不必要的處罰。