更換汽車發動機需要經過以下步驟：

1、準備相關手續：車主需要準備身份證、行駛證、登記證書和發動機合格證等必要文件。

2、到安檢機構進行上線檢驗：取得帶有新發動機號的檢測報告單。

3、到車管所辦理變更登記：持上述手續到車管所辦理變更登記。

4、注意新發動機的型號和編號：如果新發動機出廠時沒有打刻編號，則需要按照相對復雜的流程進行辦理。

5、選擇打刻原發動機號的方式：車主可以選擇在安裝新發動機之前或之后打刻原發動機號，并到安驗機構上線檢驗，取得檢測報告單后再到車管所辦理變更登記。