機動車違法扣分的處理方式如下：

1、首先，您需要攜帶身份證、駕駛證和行駛證到違章處理大廳辦理相關手續。

2、在辦理過程中，您會收到一份處罰決定書。請務必在15日內持該決定書到指定的銀行繳納罰款。如果超過15天未繳納罰款，將會產生滯納金，每天的滯納金為罰款金額的3%。請注意，滯納金的總額不能超過罰款的總額。

3、完成罰款繳納后，請妥善保管好相關票據。幾天后，您可以在網上查詢違法信息。如果違法信息已經消除，那么您可以丟棄票據。但是，如果網上仍然顯示有違法信息，您需要攜帶交款單子到交警隊的法制科進行說明。經過工作人員確認后，您的違法信息將會被直接刪除。